Sejarah perkembangan STIKes MNI di mulai sejak tahun 2008 ketika beberapa Tokoh menginginkan didirikan nya institusi Lembaga Pendidikan Tenaga Kesehatan di Kabupaten Pidie pada khususnya dan di wilayah Aceh pada umumnya, seiring dengan tuntutan kebutuhan Tenaga Kesehatan di wilayah tersebut, Yayasan Payung Negeri Aceh Darussalam kemudian mengajukan izin pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan di Kabupaten Pidie, hingga pada tanggal 22 Mei 2008 terbitlah SK Izin Operasional STIKes MNI dari Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan nomor 85/D/O/2008, dengan Program Studi Ilmu Keperawatan Jenjang Strata Satu (S1) dan Ilmu Kebidanan jenjang Diploma III. Pada Tahun 2014 STIKes MNI mengalami penambahan program studinya, yaitu Program Studi Profesi Ners dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 296/E/O/2014 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Profesi Ners di STIKes MNI. Hal ini dilakukan untuk memfasilitasi alumni sarjana keperawatan untuk melanjutkan program profesi, sesuai yang diamanahkan oleh AIPNI. Hingga periode tahun 2019, STIKes MNI tetap menjalankan peran sertanya dalam dunia pendidikan dan kesehatan, menjadi institusi yang tiap tahunnya mencetak SDM di bidang pelayanan kesehatan, terutama SDM keperawatan dan kebidanan